BrassicaPanDB

CDS Sequence (185 bp)

ATGTTATTTCTCCCGCATAGGGGAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATCTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTACGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTAATTCAACTGTCCGAAGA
TTATAAATGGATCAATCTTTTTGATTTTTATTGGAGACTGTGA

Upstream Sequence

ATGTTATTTCTCCCGCATAGGGGAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATCTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTACGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTAATTCAACTGTCCGAAGA
TTATAAATGGATCAATCTTTTTGATTTTTATTGGAGACTGTGA

Downstream Sequence

AATAGATGGACTTTCTATAGAAACGATTTTACTGACTGGATTTATTACTACTTTAGCTAC
TTTAGCGGCTTTTCCAGTTACTCGGGATTCCCAATTATTCTATTTCCTGATGTTAGCAAT
GTACAGCGGCCAAATAGGATCATTTTCCTCTCAGGATATTTTACTTTTTTCATCATGTGG
GAATTAGAATTAATTCTCGTTTATCTCCTTTTATCCatgtggggtggaaagaaacgcgtt
TGTATTCAGCTACAAAATTTATTTTATACACTGCAGGAAGTTCTATTTTTTTATTAATAG
GAGTTTTAGGTATAAGTTTATATGGTTCGAACGAACCAACATTAAATTTAGAACTATTAG
GGAATCAAGCCTATCCACTCGAAATACTATTTTATATTGGATTTCTTATTGCTTTTGCCG
TCAAATCACCGATTATACCTTTACATACTTGGTTACCTGACACCCCCAGCGAGGCACATT
ACAGTACCTATATGCTTCTCGCTGGAATCTTATTAAAAATGGGAGTATATGGATTGGTTC
GAGTCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTTTTCCTTGGTTGATGGTAG
TCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTCAACATCTTCCGGTCAACGTAATTTAAAAA
AAAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTCATATGGGTTTTATAATTATAGGTATTGGTTCTA
TAACGGATCATGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCTCTCATGGATTTATTGGCG
CTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCCGGCTTGTTTATCTTGATG
AAATGGGTGGAATGGCTATCTCCATTCCAAAGATATTTACAATGTTCACTATCTTATCGA
TGGCTTCCCTTGCATTGCTGGTCATGTGTGTTTTTGTTTCAGAATTATTCATTTTTTTTT
TTAATAATTATCTGTCTAAAATATTTCTTAAATTCAAAAATTTTAATTATTTTTGTAATG
GCAATTGGAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTCACGTCAAATGTTCTAT
GGATACAAGTTAATTAATGCCAAAAACTTCTTTTTTTTTTGATTCTAGACCCCGAGAGTT
ATTTCTTTCAATCTCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGGGATTTATCCTGCTTAGAG
TAGAACTCATAGGAACTCATTAGAATAAAAGTTAGTTATTGTTATGAGAAGTTTACGTTA
ACGTGCCAATCCTAAATATCTTCAATATTTTTCTCATTTTTGTGTCGATTTTTCATTTTG
GTTATTTCTCGATATAAATATTGATTTTTGAGTTTATTCTCATTTCGTTATTTTGTTTTG
GTTTAAGATTTAAAATTattaaagagttacatatttaggttaatatccgagccttgagca
gaataACTATTTTATATTTATTACTTATTTTCTGTTTTTTGCAAATTATGAAACAATGAA
ataataactatatattaaataactaaaaatcagttactattatgtaataaattggtgtga
tataaattaaacgatcgctcttgtttattcgcaataattttagggtaaataaATCAAAAT
ACTCAaTCtTATCTATCGTATATGATATATAATTAAATTTAAATGATATTAAAATAgata
tatagtatacttttaatattgatatttataaaatgaggtttctactgtatgattttacga
ttatttgcatattcgtgtaacaaaactttacaccaatgatttttttaatgtataatgttt
agtggtttcaataatttataattatttaaaataatgaagatttcaaaattaaaatattaa
ctttttaatatatgttcaacgtagatatcaaaatataagtatgtattttcatatgatgta
tatagtttaatttaaacgatatgaaatatatatatatatatattaacttaaacacctatt
aaaataaaattatttattta

Pro Sequence

MLFLPHRGNKVNKWYTICICILELLLTTYAFCYNFKLDDPLIQLSEDYKW
INLFDFYWRL

mRNA Sequence

ATGTTATTTCTCCCGCATAGGGGAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATCTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTACGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTAATTCAACTGTCCGAAGA
TTATAAATGGATCAATCTTTTTGATTTTTATTGGAGACTGTGA

Genome:
ZS11:	ZS11_C02G30190.t1
ZS11_v0:	BnaC09T0319300ZS
WE:	WE_C09G42600.t1
WE_v0:	Bnascaffold2759T0000200WE
Darmor:	C09p40350.1_BnaDAR
BH:	Not available
Quinta:	BnaA05T0210600QU
ZS2:	Not available
SW:	Not available
Express61:	Not available
Xiaoyun:	Not available
P202:	BnaC09G073710P202.1
BL:	Not available
TA:	Not available
Da-Ae:	Not available
RB:	Not available
No2127:	Not available
P130:	BnaC09G040780P130.1
Length:	60
KOG ID:	KOG4845
KOG E-value:	1.190000e-36
KOG Score:	128.0
KOG Annotation:	Energy production and conversion
Biological Process:	GO:0042773(ATP synthesis coupled electron transport)
Cellular Component:	-
Molecular Function:	GO:0008137(NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity)
KEGG Ortholog:	K05575 ndhD; NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4 [EC:7.1.1.2]
NR Protein:	VDD24542.1
NR E-value:	2.100000e-30
NR Score:	136.0
NR Annotation:	VDD24542.1 unnamed protein product [Brassica rapa]
SwissProt Protein:	A4QJY2\|NU4C_OLIPU
SwissProt E-value:	7.830000e-37
SwissProt Score:	130.0
SwissProt Annotation:	NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic OS=Olimarabidopsis pumila OX=74718 GN=ndhD PE=3 SV=2

DETAIL

Detail for ZS11_C02G30190.t1

About BrassicaPanDB

Services

Contact