BrassicaPanDB

CDS Sequence (182 bp)

ATGTTATTTCTCCCGTGTAGGGAAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATTTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTATGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTATTTCAACTGTCCGAATA
TTATAAATGGATCATTTTTTTTATTGGAGACTGGGAATAG

Upstream Sequence

ATGTTATTTCTCCCGTGTAGGGAAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATTTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTATGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTATTTCAACTGTCCGAATA
TTATAAATGGATCATTTTTTTTATTGGAGACTGGGAATAG

Downstream Sequence

GATGGACTTTCTATAGGAATGATTTTACTGACCGAATTTATTACTACTTTAGCTACTTTA
GCGGCTTTTCCAGTTACTTGGGATTCCCGATTATTCTATTTCCTGATGTTAGCAATGTAC
AGCGGCCAAATATGATCATTTTCTTCTCGGGATATTTTACTTTTTTCATCATGTGGGAAT
TAGAATTAATTTCCGTTTATCTCCTTTTATCCATGTGGGGTGGAAAGAAACGTTTGTATT
CAGCTACAAAATTTATTTTATACACTGCAGGAAGTTCTATTTTTATTAATAGGAGTTTTA
CGTAGAAGTTTATATCGTTAGAACGAACCAACATTAAATTTAGAACGATTAGGGAATCAA
GCCTATCCGGTCACACTTGAAATACTATTTTATATTGGATTTTTTATTGCTTTTGCCGCA
AATCACCGATTATACCTTTACATATTTGGTTACCTGACACCCACGGCGAGGCAAATTACA
GTACATGTATGCTTCTCGCTGGAATCTTATTGAAAATGGGAGCATATGGATTGGTTCGAA
TCAATATGAAATTATTACCTCAAGCTCATTCTATGTTTTCTCCTTGGTTGATGGTAGTCG
GTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTCAACATCTCCAGGTCAATGTAATTTAAAAAAGA
GAATAGCCAATTCTTCTGTATCTCACATGGGTTTTATAATTATACGTATTGGTTCTATAA
CAGATCATGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCTCTCATGGATTTATTGGCGCTG
CACTTTTTTCTTGGCAGAAACTAGTTATGATAGAATCCGGCTTGTTTATCTTGATGAAAT
GGGTGGAATGGCTATCTTCATTCCAAAGATATTTACAATGTTCACTATCTTATCGATGGT
TTCCCTTGCATTACCGGGCACGAGTGGTTTTGTTGCAGAATTAATCGTTTTTTTGGAATA
ATTACCAGCCAAAAATATTTCTTAATTTCAAAAATTTTAATTATTTTTGTAATGGCAATT
GAAATGATATTAACTCCTATATATTTATTATCTATGTCACGTCAAATGTTTTATGGATAC
AAGTTAATTAATGCTAAAAACTTTTTTTTTTTTTGATTCTGGACCCCCGAGAGTTATTTC
TTTCAATATCTATTCTTCTACCCATAATTGGTATTGAGATTTATCCTGATTTTGTGCTCT
CATTAGCAAGTGACAAGGTCGAATCTATTTTATCTAATTATTTTTATGGATAGTTTTCAA
GAAATAAAAAAACATTAAATTGAATTATAATAAGAAGTCTTTGCTTTTTGTATTGTGAGA
ACCTTTTGAATCATTGTACTACTTGATTCAAAAGGTTCTTGATGATTTACTACTAAAACT
AAATTAGATTTCTTAACTTATATGAAGTTATATATAGATGCAATTTTTTTATTTGGATTC
TTTTCTTTTTTTTGTTAATGTTTTAGTTAATTCGACGTAAATGAACCATAATTATGTAAA
CCTATTCCTAAAAGATTGACGCCAAAATAGCATATCCAAATTAAAAGAAAACCTAGCGAA
GCCACACTTGCAGGATTTATACCTCGAGCATTCTTATTTGTTTTAATATGTAAATAAATT
GCAAAGATGGTCCAAGTAATAAATGCCCAGGTTTCTTTCGGATCTCAATTCCAATATGAA
CCCCATGTTTCATTAGCTCATATAGCTCCTGAAAGAATGCCGACGGTTAAAAAGATAAAT
CCGAGACTAATAATAAGAAAACTCCAATAATCTAATTGCTCCGACTTTTTATGACTTCTG
GGTTTATCAGGGAACATTGCTTCGAACACTCTCGATGTATCCTCCAAATAGTCATCGAAC
AACGCCTGAACATTCCTCAAAATCACAGTTAAATTTGGACCAAACACAATTTAAACTGAT
TTGTGTTATATATATATAGAGAGAGAGGGAGGAGACCTGAGGAGACTCTTGGAGAGGAAT
GTCTGTGGAGAGTCTTGAGG

Pro Sequence

MLFLPCRENKVNKWYTICICILELLLTTYAFCYNFKLDDPLFQLSEYYKW
IIFFIGDWE

mRNA Sequence

ATGTTATTTCTCCCGTGTAGGGAAAATAAAGTTAATAAGTGGTATACTATATGCATTTGTATTTTAGAAC
TTCTTCTAACGACTTATGCTTTTTGTTATAATTTTAAACTGGACGATCCATTATTTCAACTGTCCGAATA
TTATAAATGGATCATTTTTTTTATTGGAGACTGGGAATAG

Genome:
ZS11:	ZS11_C09G25000.t1
ZS11_v0:	BnaC09T0319300ZS
WE:	WE_C09G25940.t1
WE_v0:	Bnascaffold2759T0000200WE
Darmor:	C09p40350.1_BnaDAR
BH:	Not available
Quinta:	BnaA05T0210600QU
ZS2:	Not available
SW:	Not available
Express61:	Not available
Xiaoyun:	Not available
P202:	BnaC09G073710P202.1
BL:	Not available
TA:	Not available
Da-Ae:	Not available
RB:	Not available
No2127:	Not available
P130:	BnaC09G040780P130.1
Length:	59
KOG ID:	KOG4845
KOG E-value:	2.930000e-27
KOG Score:	102.0
KOG Annotation:	Energy production and conversion
Biological Process:	GO:0042773(ATP synthesis coupled electron transport)
Cellular Component:	-
Molecular Function:	GO:0008137(NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity)
KEGG Ortholog:	K05575 ndhD; NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4 [EC:7.1.1.2]
NR Protein:	CDY63591.1
NR E-value:	2.700000e-25
NR Score:	119.0
NR Annotation:	CDY63591.1 BnaUnng00800D [Brassica napus]
SwissProt Protein:	A4QLF9\|NU4C_LEPVR
SwissProt E-value:	5.380000e-27
SwissProt Score:	103.0
SwissProt Annotation:	NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic OS=Lepidium virginicum OX=59292 GN=ndhD PE=3 SV=2

DETAIL

Detail for ZS11_C09G25000.t1

About BrassicaPanDB

Services

Contact